Phòng Kế hoạch và Nghiệp vụ của Bệnh viện Đa khoa Vạn Ninh đóng vai trò quan trọng trong việc đảm bảo hoạt động hiệu quả và chất lượng của bệnh viện. Phòng này chịu trách nhiệm trước Giám đốc bệnh viện về việc xây dựng kế hoạch hoạt động, đôn đốc và kiểm tra việc thực hiện quy chế bệnh viện, cũng như tổ chức chỉ đạo công tác nghiệp vụ chuyên môn.​

Chức năng và nhiệm vụ chính của Phòng Kế hoạch và Nghiệp vụ bao gồm:

• Xây dựng kế hoạch hoạt động: Hướng dẫn các khoa, phòng lập kế hoạch thực hiện các mặt hoạt động của bệnh viện.​

• Đôn đốc và kiểm tra: Theo dõi, đôn đốc và đánh giá hiệu quả việc thực hiện kế hoạch và quy chế bệnh viện.

• Chỉ đạo chuyên môn: Tổ chức và chỉ đạo công tác nghiệp vụ chuyên môn, đảm bảo chất lượng khám chữa bệnh.

• Đào tạo và nghiên cứu khoa học: Tổ chức đào tạo liên tục và triển khai công tác nghiên cứu khoa học trong toàn bệnh viện.​

• Quản lý hồ sơ bệnh án: Đảm bảo việc lưu trữ, thống kê và khai thác hồ sơ bệnh án theo quy định.​

• Phối hợp và hỗ trợ tuyến dưới: Thực hiện công tác chỉ đạo tuyến, hỗ trợ chuyên môn kỹ thuật cho các cơ sở y tế tuyến dưới.​

Phòng Kế hoạch và Nghiệp vụ cũng tham mưu cho Giám đốc bệnh viện trong việc xây dựng các đề án, kế hoạch cải tiến chất lượng bệnh viện và quản lý các hoạt động hợp tác quốc tế. Ngoài ra, phòng còn tham gia vào công tác phòng chống thiên tai, thảm họa và các tình huống khẩn cấp khác.